А.В. Максименко, Р.Ш. Бибилашвили

Электростатические взаимодействия в докинге 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с тримером хондроитинсульфата и тетрамером гепарина

Выполнен молекулярный докинг 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с гликозаминогликановыми лигандами. В качестве последних использовали тример хондроитинсульфата и тетрамер гепарина. Методы вычислительной химии применены для выяснения регуляции функционирования гиалуронидазы в организме, когда гепариновый лиганд в активном центре биокатализатора вызывал его инактивацию, а хондроитинсульфатные лиганды проявляли защитное действие. Выявлены восемь значимых центров связывания лигандов, одинаково пригодных для взаимодействия с тримерами хондроитинсульфата и тетрамерами гепарина благодаря электростатическому связыванию. Обнаружена возможность протекания обратимых и необратимых конформационных изменений 3D-структуры фермента в зависимости от расположения на его глобуле отрицательно заряженных лигандов, способствующих инактивации и стабилизации биокатализатора в разных условиях. Выявлены центры на молекулярной поверхности гиалуронидазы, занятость которых оказывается достаточной для предотвращения необратимых деформаций конформации фермента при введении гепаринового лиганда в зону его активного центра. Продемонстрировано тонкое формирование эффективного вида поверхностного электростатического потенциала гиалуронидазы.
Ключевые слова: бычья тестикулярная гиалуронидаза, пространственная структура, гликозаминогликановые лиганды, электростатические взаимодействия, докинг, хондроитинсульфат, гепарин, поверхностный электростатический потенциал фермента, регуляция функционирования биокатализатора.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2018, том 59, № 5, стр. 345-353