|
М.С. Шадрина, Б.Л. Григоренко, А.В. Немухин
Структура
фермент-субстратного комплекса при гидролизе гуанозинтрифосфата фактором роста EF-Tu:
Сопоставление результатов квантовой и молекулярной механики и молекулярной
динамики
Реферат
Приведены результаты расчетов равновесной геометрической
конфигурации фермент-субстратного комплекса для гидролиза гуанозинтрифосфата
белком EF-Tu, выполненных двумя теоретическими подходами: комбинированным
методом квантовой механики – молекулярной механики (КМ/ММ) и методом
молекулярной динамики. Показано, что геометрическая конфигурация реакционного
комплекса, определенная методом КМ/ММ, согласуется с представлениями о
механизме реакции гидролиза, в то время как в структуре фермент-субстратного
комплекса, предсказанной методом молекулярной динамики с силовым полем CHARMM,
относительное положение нуклеофильного реагента (молекулы воды) и основания
(боковой цепи гистидина) не отвечает оптимальному расположению реагентов.
 Полный текст статьи в формате PDF
Вестник Московского Университета.
Химия 2008, том 49, № 6, стр. 389-391
Copyright (C) Химический факультет МГУ, 2008
|
