А.А. Московский, И.А. Калиман, А.В. Акимов, С.С. Конюхов, Б.Л. Григоренко, А.В. Немухин
Реализация метода молекулярной
динамики с жесткими фрагментами для моделирования химических реакций в
биомолекулярных системах
Реферат
Описана новая
реализация метода молекулярной динамики, направленного на моделирование свойств
биомолекулярных систем, в которых могут происходить химические реакции. Для
вычислений энергий и сил вдоль траекторий используется приближение квантовой и
молекулярной механики на основе теории потенциалов эффективных фрагментов. В
связи с особенностями метода эффективных фрагментов поведение молекулярно-механической
подсистемы описывается при помощи динамики твердых тел. Методика применена для
моделирования протонного транспорта вдоль молекул воды внутри канала
грамицидина.
Полный текст статьи в формате PDF
Вестник Московского Университета.
Химия 2007, том 48, № 4, стр. 219-222
Copyright (C) Химический факультет МГУ, 2007
|