ChemNet
 
Химический факультет МГУ

Лаборатория химии нуклеиновых кислот

Публикации

  1. Громова Е.С., Хорошаев А.В. Прокариотические ДНК-метилтрансферазы: структура и механизм взаимодействия с ДНК. - Молекуляр.биология, 2003, т. 37, с. 1-15.
  2. Roberts R.I., Gromova E.S., .Wilson G.G. et al. Nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes. - Nucleic Acids Res., 2003, v. 31, p. 1805-1812.
  3. Turutin D.V., Kubareva E.A., Pushkareva M.A., Ullrich V., Sud'ina G.F. Activation of NF-kB transcription factor in human neutrophils by sulphatides and L-selectin cross-linking. - FEBS Letters, 2003, v.536, p.241-245.
  4. Metelev V.G., Kubareva E.A., Vorob'eva O.V., Romanenkov A.S., Oretskaya T.S. Specific conjugation of DNA binding proteins to DNA templates through thiol-disulfide exchange. - FEBS Letters, 2003, v.538, p.48-52.
  5. Борисова О.А., Романенков А.С., Метелев В.Г., Кубарева Е.А., Зубин Е.М., Тимченко М.А., Орецкая Т.С. ДНК-дуплексы, содержащие 2'-дезокси-2'-йодацетамидоуридин, как реагенты для аффинной модификации белков. - Молекулярная биология, 2003, т.37, N2, с.1-9.
  6. Pingoud V., Conzelmann C., Kinzebach S., Sudina A., Metelev V., Kubareva E., Bujnicki J.M., Lurz R., Lueder G., Xu S.-Y., Pingoud A. PspGI, a type II restriction endonuclease from the extreme thermophile Pyrococcus sp.: structural and functional studies to investigate an evolutionary relationship with several mesophilic restriction enzymes. - J.Mol. Biol., 2003,v.329, N 5, p.913-929.
  7. Воробьева О. В., Романенков А. С., Метелев В. Г., Карягина А. С., Лаврова Н. В., Орецкая Т. С., Кубарева Е. А. Ковалентное связывание  Cys142 метилтрансферазы SsoII с ДНК-дуплексами, содержащими фосфорилдисульфидную межнуклеотидную группу. - Молекулярная биология, 2003, т.37,  N5, с.906-915.
  8. Kuznetsova S., Rykhlevskaya A., Taranenko M., Sidorkina O., Oretskaya T., Laval J. Use of crosslinking for revealing the DNA phosphate groups forming specific contacts with the E.coli FPg protein. - Biochimie, 2003, v. 85, p. 511-519.
  9. Taranenko M., Rykhlevskaya A., Mtchedlidze M., Laval J., Kuznetsova S. Photochemical crosslining of E.coli Fpg protein to DNA uplexes containing phynyl(trifluoromethyl)diazirine groups. - Eur. J. Biochem., 2003, v. 270, N 14, p. 2945-2949.
  10. Zubin E.M., Stetsenko D.A., Oretskaya T.S., Gait M.J. 1,2-Diol and hydrazide phosphoramidites for solid-phase synthesis and chemoselective ligation of 2'-modified oligonucleotides. - Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 2003, v. 22, N 5-8, p. 1375-1378.
  11. Dolinnaya N.G., Fresco J.R. Conformational polymorphism of d(A-G)n and related oligonucleotide sequences. - Progress in Nucleic Acids Res. and Molecular Biology, 2003, v. 75, p. 321-347.
  12. Hianik T., Vitovic P., Humenik D., Andreev S.Yu., Oretskaya T.S., Hall E.A.H., Vadgama P. Hibridization of DNA at the surface of phospholipid monolavers. Effect of orientation of oligonucleotide chains. --Bioelectrochemistry, 2003, v. 59, N 1/2, p. 35-40.
  13. Зацепин Т.С., Андреев С.Ю., Гианик Т., Орецкая Т.С. Нуклеиновые кислоты, содержащие остаток ферроцена: синтез и электрохимические свойства. - Успехи химии, 2003, т. 72, № 6, с. 602-621.
  14. Zatsepin T.S., Romanova E.A., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Synthesis of 2'-modified oligonucleotides containing aldehyde or ethylenediamine grooups. Nucleosides, Nucleotides , Nucleic Acids, 2003, v. 22, N 5-8, p. 1383-1385.
  15. Antsypovich S.I., Andreev S.Y., Oretskaya T.S. Convenient solid-phase method of introduction of sulfhydryl groups into oligodeoxyribonucleotides via 2'-O-carbamate linkage. Nucleosides, Nucleotides , Nucleic Acids, 2003, v. 22, N 5-8, p. 1435-1437.
  16. Lesage D., Mеtelev V., Borisova O., Dolinnaya N., Oretskaya T., Baran-Marszak F., Taillandier E., Raphael M., Fagard R. Specific covalent binding of a NF-kB decoy hairpin oligonucleotide targeted to the p50 subunit and induction of apoptosis. - FEBS Letters, 2003, v. 547, N 1-3, p. 115-118.
  17. Maksimenko A.V., Mandrouguine V.A., Gottikh M.B., Bertrand J.-R., Majoral J.-P., Malvy C. Optimisation of dendrimer-mediated gene transfer by anionic oligomers. - J. Gene Medicine, 2003, v. 5, p. 61-71.
  18. Ivanov S., Alekseev Y., Bertrand J.-R., Malvy C., Gottikh M.B. Formation of stable triplexes between purine RNA and pyrimidine oligodeoxyxylonucleotides. - Nucleic Acids Res., 2003, v. 31, 4256-4263.
  19. Королева О.Н., Друца В.Л. Исследование транскрипции ДНК-матриц с пирофосфатными межнуклеотидными связями. - Вестн. Моск. Ун-та, 2003, сер. 2, Химия, т. 44, № 3, с. 203-207.
  20. Bertrand J.-R., Sumbatyan N., Malvy C. Covalent coupling of a PIM-1 oncogene targeted PNA with an Antennapedia derived peptide. - Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 2003, v. 22, N 5-8, p. 1611-1613.
  21. Taranenko M.V., Sumbatyan N.V., Mtchedlidze M.T., Kuznetsova S.A. Cross-linking of Escherichia coli formamidopyrymidine-DNA glycosylase to DNA duplexes containing photoactivatable Phenyl(trifluoromethyl)diazirine groups. - Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 2003, v. 22, N 5-8, p. 1505-1507.
  22. Sudina A., Volkov E., Oretskaya T., Naryshkin N., Ivanovskaya M., Kubareva E. Detection of glycosylase, endonuclease and methyltransferase enzyme activities using immobilized oligonucleotides. IUBMB Life, 2004, v. 56(3), p. 139-143.
  23. Kachalova A.V., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Synthesis of oligonucleotide 2'-conjugates via amide bond formation in solution. - Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2004, v. 14, p. 801-804.
  24. Zatsepin T.S., Gait M.J., Oretskaya T.S. 2'-Functionalized nucleic acids as structural tools in molecular biology. - IUBMB Life, 2004, v. 56, N 4, p. 209-214.
  25. Hianik T. Rybar P., Andreev Yu., Oretskaya T., Vadgama P. Detection of DNA hybridization on a liposome surface using ultrasound velocimetry and turbidimetry methods. - Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2004, v. 14, p. 3897-3900.
  26. Зацепин С.Т., Романова Е.А., Орецкая Т.С. Нуклеозиды и олигонуклеотиды с реакционноспособными группами при С(2')-атоме: синтез и применение. - Успехи химии, 2004, т. 73, № 7, с. 757-791.
  27. Zatsepin T.S., Ivanova Y.M., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Efficient conjugation and preferential DNA binding of oligonucleotides containing 2'-O-(2-oxoethyl)arabinouridine. - Tetrahedron Lett., 2004, v. 45, p. 7327-7330.
  28. Zatsepin T.S., Ivanova Yu. M., Oretskaya T.S. Synthesis of (2'S)- and (2'R)-2'-Deoxy-2'-[(2-methoxyethoxy) amino]pyrimidine Nucleosides and oligonucleotides. - Chemistry and Biodiversity, 2004, v. 1, p. 1537-1545.
  29. Zatsepin T.S., Oretskaya T.S. Synthesis and applications of oligonucleotide - carbohydrate conjugates. - Chemistry and Вiodiversity, 2004, v. 1, p. 1401-1417.
  30. Kachalova A.,  Zubin E., Stetsenko D. , Oretskaya T.S., Gait M. Oligonucleotides with 2'-O-carboxymethyl group: synthesis and 2'-conjugation via amide bond formation on solid phase. - J. Org. Biomol. Chem., 2004, v. 2 (19), p. 2793-2797.
  31. Agapkina J., Smolov M., Zubin E., Mouscadet J-F., Gottikh M. HIV-1 integrase can process a 3'-end crosslinked substrate: Implications of DNA end fraying requirement during the 3'-processing reaction. -  Eur J Biochem., 2004,v. 271, р. 205-211.
  32. Pinskaya M., Romanova E., Volkov E., Deprez E., Leh H., Brochon J.-C., Mouscadet J.-F., Gottikh M. HIV-1 integrase complexes with DNA dissociate in the presence of short oligonucleotides conjugated to acridine. -  Biochemistry, 2004, v. 43,  р. 8735-8743.
  33. Иванов С.А., Велц Р., Готтих М.Б., Мюллер С. Синтез РНК посредством удлинения праймера при помощи Т7 РНК полимеразы. -  Мол. Биол., 2004, т. 38, № 5, с. 798-803.
  34. Тараненко М.В., Волков Е.М., Сапарбаев М.К., Кузнецова С.А.. Новые негидролизуемые  аналоги субстратов 8-оксогуанин-ДНК гликозилаз. - Мол. Биол., 2004, т. 38, № 5, р. 859-869.
  35. Subach O.M., Khoroshaev A.V., Gerasimov D.N., Baskunov V.B., Shchyolkina A.K., Gromova E.S. 2-Pyrimidinone as a probe for studying the EcoRII DNA methyltransferase-substrate interaction. - Eur. J. Biochem., 2004, v. 271, N 12, p. 2391-2399.
  36. Koudan E.V., Bujnicki J.M., Gromova E.S. Homology Modeling of the CG-specific DNA Methyltransferase SssI and its Complexes with DNA and AdoHcy. - J. Biomol. Struct. Dyn., 2004, v. 22, N 3, p. 339-346.
  37. Кирсанова О.В., Баскунов В.Б., Громова Е.С. Эндонуклеазы рестрикции типа IIE и IIF, взаимодействующие с двумя участками узнавания в ДНК. - Молекулярная биол., 2004, т. 38, № 5, с. 886-900.
  38. Baskunov V.B., Subach F.V., Kolbanovskiy A., Kolbanovskiy M., Eremin S.A., Johnson F., Bonala R., Geacintov N.E., Gromova E.S. The effects of benzo[a]pyrene-dG lesions on DNA methylation, catalyzed by M.EcoRII and on DNA cleavage effected by R.EcoRII. - Biochemistry, 2005, v. 44, No 3, p.1054-1066.
  39. Zubin E.M., Stetsenko D.A., Zatsepin T.S., Gait M.J., Oretskaya T.S. Oligonucleotides containing 2'-O-[2-(2,3-dihydroxypropyl)amino-2-oxoethyl]uridine as suitable precursors of 2'-aldehyde oligonucleotides for chemoselective ligation. - Bioorg. Med. Chem., 2005, v. 13, No. 16, p.4912-4920.
  40. Zubin E.M., Stetsenko D.A., Kachalova A.V., Gait M.J., Oretskaya T.S. Incorporation of side-chain groups of basic amino acids into oligonucleotides via the 2'-position of uridine. - Nucleic Acids Symp. Ser., 2005, v. 49, No. 1, p. 347-348.
  41. Зацепин Т.С., Долинная Н.Г., Кубарева Е.А., Ивановская М.Г., Метелев В.Г., Орецкая Т.С. Ковалентное связывание модифицированных нуклеиновых кислот c белками как метод изучения специфических белково-нуклеиновых взаимодействий. - Успехи химии, 2005, т. 74, №  1, с. 84-103.
  42. Zatsepin T.S., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Use of carbonyl group addition-elimination reactions for synthesis of nucleic acids conjugates. - Bioconjugate Chemistry, 2005, v.16, N  3, p. 471-489.
  43. Zatsepin T.S., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Synthesis of DNA conjugates by solid-phase fragment condensation via aldehyde-nucleophile coupling. - Tetrahedron Letters, 2005, v. 46, N 18, p. 3191-3195.
  44. Романенков А.С., Устюгов А.А., Зацепин Т.С., Никулова А.А., Колесников И.В., Метелев В.Г., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. Анализ белково-нуклеиновых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-kB с ДНК. - Биохимия,  2005, т. 70, № 11, с.1474-1487.
  45. Судьина А.Е., Зацепин Т.С., Пингоуд В., Пингоуд А., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. Аффинная модификация эндонуклеазы рестрикции SsoII ДНК-дуплексами, содержащими 2'-альдегидную группу. - Биохимия, 2005, т. 70, № 8, с. 1137-1144.
  46. Zatsepin T.S., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. 2'-Hydrazine oligonucleotides: synthesis and efficient conjugation with aldehydes. - Nucleic Acids Research Simposium Series, 2005, N 49, p. 133-134.
  47. Zatsepin T.S., Turner J.J., Oretskaya T.S., Gait M.J. Oligonucleotide conjugates of cell penetrating peptides and gene silencing. - Current Pharmaceutical Design, 2005, v. 11, N 28, p. 3639-3654.
  48. Pingoud V., Sudina A., Geyer H., Bujnicki J.M., Lurz R., Luder G., Morgan R., Kubareva E., Pingoud A. Specificity Changes in the Evolution of Type II Restriction Endonucleases: A biochemical and bioinformatics analysis of restriction enzymes that recognize unrelated sequences. -  J. Biol. Chem., 2005, v.280, N6, p. 4289-4298.
  49. Ostatna V., Dolinnaya N.G., Andreev S., Oretskaya T., Wang J. and Hianik T.  The detection of DNA deamination by electrocatalysis at DNA-modified electrodes. - Bioelectrochemistry, 2005, v. 67, p. 205-210.
  50. Maria Rogacheva, Alexander Ishchenko, Murat Saparbaev, Svetlana Kuznetsova, Vasily Ogryzko (2006) High Resolution Characterization of Formamidopyrimidine-DNA Glycosylase Interaction with Its Substrate by Chemical Cross-linking and Mass Spectrometry Using Substrate Analogs. J. Biol. Chem., 2006, 281, 32353-32365.
  51. РоманенковА.С., КисильО.В., ЗацепинТ.С., ЯмсковаО.В., КарягинаА.С., МетелевВ.Г., ОрецкаяТ.С., КубареваЕ.А. ДНК-метилтрансфераза SsoII какбифункциональныйбелок: особенностивзаимодействияспромоторнойобластьюгеновсистемырестрикции-модификации SsoII. - Биохимия, 2006, т. 71, вып. 12, с. 1646-1656.
  52. Metelev V., Romanenkov A., Kubareva E., Zubin E., Polouchine N., Zatsepin T., Molochkov N., Oretskaya T. Structure-based cross-linking of NF-kappaB p50 homodimer and decoy bearing a nove 2'-disulfide trapping site. - IUBMB Life, 2006, v. 58, N 11, p. 654-658.
  53. Hianik T., Wang X., Andreev S., Dolinnaya N., Oretskaya T., Thompson M. DNA-duplexes containing abasic sites: correlation between thermostability and coustic wave properties. - Analyst, 2006, v. 131, p. 1161-1166.
  54. Humeník D., Chorvát Jr.D., Novotný I., Tvarožek V., Oretskaya T.S., Hianik T. AFM images of short oligonucleotides on a surface of supported lipid films. - Medical Engineering & Physics, 2006, v. 28, p. 956-962.
  55. Smolov M., Gottikh M., Tashlitskii V., Korolev S., Demidyuk I., Brochon J-C., Mouscadet J-F., Deprez E. Kinetic Study of the HIV-1 DNA 3'-End Processing: Single-Turnover Property of Integrase. - FEBS J., 2006, v. 273, p. 1137-1151.
  56. Agapkina J., Smolov M., Barbe S., Zubin E., Zatsepin T., Deprez E., Le Bret M., Mouscadet J-F., Gottikh M. Probing of HIV-1 integrase-DNA interactions using novel analogs of viral DNA. - J. Biol. Chem., 2006, v. 281, p. 11530-11540.
  57. Zatsepin T.S., Gait M.J., Oretskaya T.S., Stetsenko D.A. Synthesis of 2'-hydrazine oligonucleotides and thir efficient conjugation with aldehydes and 1,3-diketones. - Tetrahedron Letters, 2006, v. 47, p. 5515-5518.
  58. Dolinnaya N.G., Jan M.R., Kawde A.-N., Oretskaya T.S., Tashlitsky V.N., Wang J. Electrochemical detection of abasic site-containing DNA. - Electroanalysis, 2006, v. 18, N 4, p. 399-404.
  59. Gromova E., Subach O., Baskunov V., Dariy M., Maltseva D., Jeltsch A., Kolbanovskiy A., Kolbanovskiy M., Geacintov N. Impact of benzo[a]pyrene diol epoxide-DNA adducts on DNA methylation. // FEBS Journal. 2006, V. 273, Supplement 1, P. 187-188.
  60. O.M. Subach, V.B. Baskunov, M.V. Darii, D.V. Maltseva, D.A. Alexandrov, O.V. Kirsanova, A. Kolbanovskiy, M. Kolbanovskiy, F. Johnson,  R. Bonala, N.E. Geacintov,  E.S. Gromova. Impact of Benzo[a]pyrene-2'-deoxyguanosine Lesions on methylation of DNA by SssI and HhaI DNA Methyltransferases. Biochemistry, 2006, v.45, p.6142-6159.
  61. Tabatadze D., Zamecnik P., Yanachkov I., Wright G., Pierson K., Zhang S., Bogdanov A., Metelev V. A Novel Thymidine Phosphoramidite Synthon for Incorporation of Internucleoside Phosphate Linkers During Automated Oligodeoxynucleotide Synthesis. // Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2007, v.26, Issue 12, in press.
  62. Казанова Е.В., Зубин E.M., Качалова А.В., Стеценко Д.А., Гейт М.Дж., Орецкая T.С. Синтез олиго-2'-O-метилрибонуклеотидов, содержащих в положении 2' остатки α‑аминокислот. // Известия Академии наук. Серия химическая, 2007, № 4, c. 775-783.
  63. Приказчикова Т.А., Волков Е.М., Зубин Е.М, Романова Е.А., Готтих М.Б. Ингибирование интегразы ВИЧ-1 модифицированными олигонуклеотидами. Оптимизация структуры ингибитора. // Молекулярная биология, 2007, т. 41, № 1, с. 130-138.
  64. SokolovaV., KovtunA., PrymakO., Meyer-ZaikaW., KubarevaE.A., RomanovaE.A., OretskayaT.S., HeumannR., EppleM. Functionalisationofcalciumphosphatenanoparticlesbyoligonucleotidesandtheirapplicationforgenesilencing. // J. Mater. Chem., 2007, v. 17, N8, p. 721-727.
  65. Kosinski J., Kubareva E., Bujnicki J.M. A model of restriction endonuclease MvaI in complex with DNA: a template for interpretation of experimental data and a guide for specificity engineering. // Proteins, 2007, v.68, N1,  p.324-336.
  66. Несчастнова А.А., Гасанова В.К., Белицкий Г.А., Якубовская М.Г., Долинная Н.Г. Химическое расщепление ДНК-дуплексов с точечными нарушениями комплементарности как основа для выявления мутаций неизвестной локализации. // Молекулярная биология, 2007, т. 41, № 3, с. 535-543.
  67. Дарий М.В., Кирсанова О.В., Друца В.Л., Кочетков С.Н., Громова Е.С. Выделение и сайт-направленный мутагенез ДНК-метилтрансферазы SssI. // Молекуляр. биология, 2007б тю 41б с. 121-129.
  68. Subach O.M., Maltseva D.V., Shastry A., Kolbanovskiy A., Geacintov N.E., and Gromova E.S. The stereochemistry of benzo[a]pyrene-2'-deoxyguanosine adducts affects DNA methylation by SssI and HhaI DNA methyltransferases. // FEBS J., 2007, v. 274, N 8, p. 2121-2134.
  69. Кудан Е.В., Бревнов М.Г., Субач О.М., Речкоблит О.А., Буйницкий Я.М., Громова Е.С. Зондирование контактов ДНК-метилтрансферазы EcoRII с ДНК с помощью аналогов субстрата и молекулярного моделирования. // Молекуляр. биол., 2007, т.41, с.885-899.
  70. Rogacheva M.V., Bochenkova A.V., Kuznetsova S.A., Saparbaev M.K., Nemukhin F.V. Impact of Pyrophosphate and O-Ethyl-Substituted Pyrophosphate Groups on DNA Structure.// J. Phys. Chem., 2007, 111(2), 432-438.
  71. Рогачева М.В., Кузнецова С.А. Репарация 8-оксогуанина в ДНК. Механизмы ферментативного катализа. Успехи химии, 2008, 77 (9), 817-843.
  72. Ф.В. Субач, Ж. Ликье, Е.С. Громова. Исследование структуры комплекса эндонуклеазы рестрикции EcoRII с ДНК в растворе методом ИК-Фурье-спектроскопии. Рос. хим. ж. (Ж.Рос.хим.общ-ва им. Д.И.Менделеева), 2007, т.L1, №6, с.89-93.


Сервер создается при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований
Не разрешается  копирование материалов и размещение на других Web-сайтах
Вебдизайн: Copyright (C) И. Миняйлова и В. Миняйлов
Copyright (C) Химический факультет МГУ
Написать письмо редактору